Le cotonnier est conduit en culture annuelle mais reste une plante pérenne qui subsiste en saison sèche et repousse dès les premières pluies. La destruction des cotonniers après la récolte (couper et brûler) est une mesure prophylactique destinée à réduire le potentiel de transmission de maladies et de ravageurs d'une campagne sur l'autre. Cette ancienne recommandation panafricaine s'inscrit dans une stratégie de lutte intégrée. Au Cameroun, elle vise la bactériose à Xanthomonas campestris pv. malvacearum (Smith) Dow., et secondairement, les chrysalides de lépidoptères à régime endocarpique. En pratique, l'incinération des tiges est inopérante, car les abondants débris restant au sol, à la suite du passage des troupeaux et de la coupe des cotonniers ne sont pas balayés. Depuis 1995, les nouvelles recommandations officielles n'imposent plus de brûler les vieux cotonniers. Bien que de plus en plus récupérés à des fins domestiques combustible ou matériau de construction , les résidus de cotonnier représentent dans certaines situations une ressource organo-minérale intéressante à restituer sous forme de mulch, de compost ou de fumier. Bien qu'elles nécessitent un surcroît de travail et d'équipement, ces techniques sont appelées à se développer car les problèmes de gestion de fertilité des terres deviennent de plus en plus pressants.