En 1990, le laboratoire de phytopathologie canne à sucre confirme son rôle de soutien à la sélection par : l'indexation, par rapport à quatre maladies, de variété en cours de sélection; l'observation et la quantification des maladies dans des familles issues de croisements dirigés. En marge de la sélection, des travaux concernant l'observation des maladies et leur diagnostic sont entrepris (visite de pépinières et introduction de nouvelles méthodologies)