L'hybridation somatique permet d'accroître la diversité des pools géniques des espèces cultivées, non seulement en contournant les incompatibilités ou contraintes sexuelles, mais également en combinant les génomes nucléaires, chloroplastiques et mitochondriaux suivant de nouvelles règles. Elle trouve des applications importantes chez les agrumes compte tenu du caractère apomictique ou de la stérilité de nombreux cultivars et de la structure du complexe d'espèces. Les génomes de cultivars inexploitables par voie sexuée ont ainsi été intégrés au sein d'hybrides tétraploïdes par fusion de protoplastes au polyéthylène glycol ou par électrofusion. Cette manipulation de la ploïdie via l'hybridation somatique, dont l'objectif final est la sélection de cultivars triploïdes aspermes, a permis d'enrichir considérablement le compartiment têtraploïde du complexe d'espèce. Elle s'applique également à la synthèse directe d'hybrides triploïdes par fusion de roto astes ha loïdes et diploïdes. L'addition de l'ensemble des gènes des deux parents quels que soient leurs niveaux d'hétérozygotie trouve une application majeure pour la création de porte-greffes cumulant des caractères de résistance. L'exploitation de la diversité de genres sexuellement incompatibles est en revanche moins utile compte tenu des défauts présentés par la majorité des hybrides. Dans ce cas, la mise en oeuvre de programmes d'hybridations asymétriques paraît souhaitable pour n'introgresser que quelques fragments du génome des espèces sauvages. Des alloplastes générés par hybridation symétrique ouvrent la voie à l'étude des interactions nuclé-cytoplasmiques. L'hybridation somatique entraîne une évolution majeure du pool génique des agrumes vers un complexe polyploïde.