Les profils RAPD de 121 cultivars d'olivier ont été comparés à ceux de 20 populations naturelles d'oléastres de l'est et de l'ouest de la Méditerranée. En considérant les proximités des profils RAPD entre les cultivars de l'est et de l'ouest et les populations, des différences nettes apparaissent entre les groupes de cultivars. Les cultivars d'Israël, Turquie, Syrie, Grèce et Sicile sont, avec peu d'exceptions, proches des oléastres de l'est; à l'opposé les clones d'Italie continentale, de France continentale, de Corse, d'Espagne et du Maghreb sont proches des oléastres de l'ouest. Cette structure génétique est cohérente avec une sélection locale des cultivars tout autour du bassin Méditerranéen. Les cultivars ont aussi été caractérisés par le cytotype mitochondrial. Cette information montre que la grande majorité (103 sur 121) des cultivars porte les mitotypes ME1 ou ME2, et aurait donc une origine maternelle dans les populations de l'est. Cependant, le processus de sélection qui implique l'hybridation par le pollen des populations locales, pourrait mener à avoir un profil RAPD plus proche des populations de l'ouest que des populations naturelles de l'est. En outre, les autres cultivars avec les mitotypes de l'ouest MOM ou MCK, ont généralement conservé un profil RAPD proche des populations naturelles de l'ouest. En conséquence, elles pourraient résulter de formes exclusivement locales (comme en Corse). Cependant, les cultivars qui portent de tels mitotypes pourraient aussi avoir été sélectionnés à partir d'hybrides ou de génotypes introgressés entre les oléastres de l'ouest et les variétés, introduites de l'est, utilisées comme parent mâle, conduisant à un profil RAPD de l'est. Le processus de domestication de l'olivier apparaît dissymétrique: la Méditerranée de l'ouest serait une zone où les oliviers de l'est, une fois introduits, auraient été hybridés et rétro-croisés avec les oliviers indigènes.