En milieu aride et semi-aride, l'irrigation entraîne des changements profonds dans l'évolution des eaux et des sols. L'alternance de périodes d'irrigation et de longues périodes sèches, avec une évaporation intense, favorise la concentration des sels. Dans le delta mort, après le retrait du fleuve Niger, la nappe phréatique se situait à une profondeur d'environ 45 mètres. Cinquante ans après le début de l'irrigation, elle se situe à une profondeur quasi permanente de 1,5 à 3 mètres à l'étiage. Les phénomènes de dégradation des sols observés sur les périmètres de l'Office du Niger semblent être liés à la dynamique de la nappe phréatique. Pour les expliquer, des études sur le fonctionnement hydrologique des sols ont été menées à l'échelle du périmètre, de la maille hydraulique et de la parcelle.