Le complexe d'espèces des bananiers présente des originalités qui entraînent une vision particulière de la gestion de ses ressources génétiques. La multiplication clonale, associée à de fréquentes stérilités ou incompatibilités, et la coexistence de plusieurs niveaux de ploïdie rendent indispensables une connaissance approfondie des potentialités de chaque clone et des relations de phylogénie entre les différents types reconnus, pour exploiter les ressources en amélioration variétale. Les principaux programmes d'amélioration des bananiers à travers le monde possèdent des collections in situ. Au cours des vingt dernières années, de nombreux marqueurs de la diversité ont été mis successivement au point et appliqués au bananier. Un ensemble de 119 descripteurs agromorphotaxonomiques a été défini comme norme de description des bananiers. Des outils informatiques d'aide à l'identification fondés sur ces descripteurs ont été développés. Depuis dix ans, différents types de marqueurs moléculaires ont été utilisés sur le bananier : polyphénols, isoenzymes, RFLP et microsatellites. D'autres outils telles la cytométrie en flux et l'hybridation in situ ont également contribué à la caractérisation des ressources génétiques en permettant une détermination plus fine de la nature génomique des accessions étudiées : ploïdie, aneuploïdie et nombre de chromosomes affiliés à chacune des espèces d'origine. Les résultats les plus complets concernent l'étude des génomes cytoplasmiques et nucléaire à l'aide des marqueurs RFLP. Les deux génomes cytoplasmiques se caractérisent par une hérédité monoparentale. Ces apports successifs ont permis de structurer les ressources génétiques des bananiers et d'en affiner la caractérisation. Ce chapitre présente une synthèse de ces travaux