La salinité des sols a toujours été une contrainte de l'agriculture irriguée dans le bassin de l'indus. Traditionnellement, ce phénomène était associé à la remontée d'une nappe, devenue sub-affleurante à certains endroits, avec l'introduction des périmètres irrigués à grande échelle. Le concept de la "menace jumelle" de l'engorgement et de la salinité des sols a impulsé depuis les années 1960 un grand nombre de projets de drainage à grande échelle pour rabattre la nappe. Par ailleurs, pour faire face aux pénuries d'eau, les agriculteurs ont recouru à des pompages individuels dans la nappe dont le niveau a ainsi baissé. Le nombre de forages est estimé à plus de 500 000 et continue d'augmenter. L'utilisation des eaux souterraines, souvent d'une qualité médiocre mais hétérogène dans l'espace, accentue une tendance à la salinisation des sols. L'eau de surface, en revanche, est d'excellente qualité et représente une valeur inestimable pour les paysans ayant des problèmes de salinité et sodicité. Une distribution de l'eau de surface en phase avec les contraintes des paysans en termes de qualité de l'eau de nappe pourrait contribuer à diminuer ces problèmes.