Ce document décrit les recherches entreprises depuis 1999 dans le cadre de l'Initiative Ecorégionale coordonnée par l'IRRI (International Rice Research Institute), qui ont recours aux systèmes multi-agents comme outil de modélisation d'accompagnement pour aborder les problèmes de gestion intégrée des ressources naturelles au nord de la Thaïlande et au nord du Vietnam. Nous illustrons une démarche d'utilisation de modèles complexes pour accompagner des expériences de gestion adaptative des ressources naturelles. Nous introduisons tout d'abord quelques considérations sur le changement de paradigme qu'implique notre approche. Puis, après une brève présentation des modèles que nous avons développés, nous présentons deux études de cas. La première montre comment on peut intégrer des connaissances multi-échelles de nature biophysiques et socio-économiques à l'aide d'un modèle. La seconde présentation concerne l'utilisation de tels modèles dans le cadre d'approches participatives.