L'importance des dégâts occasionnés aux cultures et aux denrées stockées par divers organismes nuisibles ou concurrents, encore dénommés bio-agresseurs (ravageurs, micro-organismes et virus, mauvaises herbes), contraint l'agriculteur à recourir à des mesures de protection. Parmi celles-ci, la lutte chimique à l'aide de pesticides de synthèse a longtemps été considérée comme la solution la plus efficace et la plus facile à mettre en oeuvre, dans des conditions économiques supportables, du moins par une agriculture de type productiviste. Cependant ses effets secondaires sur l'environnement et la santé ne s'avèrent pas compatibles avec une exploitation durable des agro-écosystèmes. Des solutions alternatives sont donc recherchées, une prévention accrue des risques étant considérée aujourd'hui comme un préalable nécessaire. On est ainsi conduit à concevoir une stratégie phytosanitaire nouvelle, reposant d'abord sur la gestion agro-écologique des populations et des peuplements. Cette stratégie remet en cause les pratiques courantes, implique une adaptation des systèmes de culture et une prise en considération rationnelle à l'échelle du paysage, comme une sensibilisation des praticiens aux problèmes environnementaux. Pour permettre un retour à une situation d'équilibre, elle demande non seulement un raisonnement à court terme, cher aux praticiens, mais également une réflexion à long terme telle que celle recommandée par les écologistes. Une illustration en culture cotonnière paysanne en est donnée.