Les agricultures des pays du Sud sont aujourd'hui confrontées à de nouveaux enjeux: renforcer leur compétitivité dans un contexte de plus en plus mondialisé, répondre aux exigences des consommateurs en matière de qualité sanitaire et organoleptique, maintenir la durabilité des systèmes de production, tenir compte des nouvelles préoccupations "citoyennes" en matière d'environnement et de pauvreté. Face aux résultats mitigés des filières nouvellement libéralisées pour répondre à ces nouveaux défis, un débat a vu le jour sur la manière d'organiser les filières agricoles pour les rendre plus performantes. L'objectif de cet article est de présenter la méthodologie développée par le CIRAD pour répondre à cette question. Cette méthodologie (qui s'appuie sur l'Economie Institutionnelle) permet la conception d'organisations de filière performantes, au regard des objectifs qui leur sont assignés et des spécificités du contexte (caractéristiques du produit et des techniques, environnement institutionnel et économique du pays). Elle permet aussi d'identifier les contraintes techniques qui "brident" l'efficacité des filières et ouvre ainsi un agenda pour la recherche dans les domaines de la génétique, de l'agronomie, ou encore des technologies post-récolte).