Les microsatellites, de par leur amplification aisée et répétable, leur co-dominance et leur fort polymorphisme, sont aujourd'hui parmi les marqueurs moléculaires les plus utilisés dans les études de diversité génétique. Paradoxalement, on constate dans la littérature que les banques construites pour isoler ces marqueurs chez les champignons sont sous représentées par rapport à d'autres organismes comme les plantes, oiseaux, mammifères ou insectes. Nous avons tenté de déterminer si cette faible représentation était la conséquence du manque de généticiens des populations investis dans les études de pathologie ou d'une difficulté technique à isoler ces marqueurs, à cause de spécificité génomique ou de polymorphisme. L'existence d'un groupe français de généticiens des populations ayant tenté d'isoler avec une méthodologie commune des microsatellites chez différents champignons pathogènes nous a permis d'établir un bilan de l'efficacité de ces méthodes. Il apparaît que le nombre et la taille des microsatellites isolés et amplifiables sont globalement faibles, voir très faibles, pour la plupart des organismes fongiques étudiés. D'autre part, une étude bibliographique montre clairement que la taille des microsatellites publiés pour les champignons, similaire à celles de nos travaux, est significativement plus petite que la plupart des taxons étudiés par ailleurs (insectes, mammifères, poissons et plantes). De même, leur polymorphisme est significativement plus faible. Ces résultats soulignent la difficulté d'obtenir chez la plupart des champignons (et pathogènes en particulier) des marqueurs microsatellites polymorphes indispensables aux études de génétiques des populations. Ceci est certainement dû à la fois à un faible nombre de longs microsatellites dans les génomes fongiques et à des traits d'histoire de vie limitant le polymorphisme. D'autres stratégies de recherche de marqueurs sont donc sans doute nécessaires chez ces organismes. (Texte intégral)