Pour accompagner l'évolution institutionnelle des filières cotonnières, le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad) s'est engagé depuis une dizaine d'années dans des démarches de recherche finalisée associant plus étroitement les agriculteurs. Il a en particulier développé deux programmes de sélection participative d'abord au Bénin aux côtés de l'Institut national des recherches agricoles du Bénin (Inrab) à partir de 1996, puis au Paraguay avec la Direction de la recherche en agriculture (DIA, Dirección de Investigación Agrícola) au début des années 2000. Ces programmes testent des dispositifs d'expérimentation et de concertation destinés à resserrer les liens entre les sélectionneurs des systèmes publics de recherche agronomique et les agriculteurs. Le programme de sélection décentralisée mis en place au Bénin a ainsi montré que les agriculteurs sont capables de mener une sélection au champ aussi pertinente que celle des chercheurs, même si le maintien d'une sélection au laboratoire reste indispensable pour tenir compte des critères de qualité. Au vu de résultats prometteurs, les organisations paysannes cotonnières se sont pleinement approprié le programme et se mobilisent pour pérenniser le dispositif et en étendre la portée. Les essais du Paraguay ont montré la possibilité d'associer des agriculteurs de manière étroite et formelle à l'évaluation des variétés. Le dispositif, dit " Base-Satellite ", permet de croiser les informations fournies par des agriculteurs ayant cultivé les nouvelles variétés dans leurs propres parcelles avec les résultats d'une évaluation multilocale en conditions contrôlées. Ces deux exemples contribuent à légitimer une approche participative pour l'amélioration génétique du coton. Cette approche prend tout son sens pour recréer du lien entre la recherche et ses utilisateurs lorsque la cohérence des filières est menacée par la disparition de sociétés cotonnières qui en facilitaient l'organ