L'analyse de la liaison statistique entre allèles à 2 locus, ou déséquilibre de liaison (DL), a été abordée simultanément chez le riz, le sorgho, le blé, l'hévéa et Medicago truncatula en utilisant des échantillons tirés de collections de ressources génétiques. Des stratégies utilisant des BACs ont permis de développer des marqueurs dans des zones localisées. L'utilisation des séquences terminales des BACs ciblés a été efficace pour définir des marqueurs microsatellites. Par ailleurs, des amorces ont été développées pour séquencer directement des fragments géniques. Le haut niveau de polymorphisme des marqueurs microsatellites a pu nécessiter des adaptations pour le calcul du DL. La structure génétique observée sur les plantes cultivées génère un fort bruit de fond de DL, tandis que dans les collections d'espèces sauvages autogames, le DL reste faible même à courte distance, décroissant rapidement au delà de 20 kb. A l'intérieur des groupes définis pour les espèces cultivées, le DL est plus faible et décroît assez rapidement, parfois de manière différente selon les groupes, de 100 kb environ pour le riz à 500 kb pour le sorgho. Une bonne connaissance de la diversité de l'espèce apparaît donc nécessaire avant de réaliser des études d'associations qui paraissent dès lors réalisables en utilisant les accessions contenues dans les collections de ressources génétiques.