Suite à la première épidémie de Tomato yellow leaf curl virus (Begomovirus, Geminiviridae) à La Réunion en 1997, une enquête a été menée sur les cultures maraîchères des îles du sud-ouest de l'océan Indien, afin d'évaluer les risques sanitaires liés aux bégomovirus. Des campagnes de prélèvement de feuilles de tomate présentant des symptômes de feuille en cuillère, de jaunissement et de nanisme, ont été effectuées à Madagascar en 2001, dans les archipels des Comores (Mayotte, Anjouan et Grande Comore) en 2003-04 et des Seychelles (Mahé) en 2004. L'utilisation d'un couple d'amorces dégénérées spécifiques des bégomovirus qui amplifient la partie centrale du gène de la protéine de capside (CP) a permis de détecter par PCR la présence de bégomovirus dans de nombreux échantillons foliaires. Sur la base de la séquence de la CP, certains isolats pouvaient être provisoirement classées dans deux nouvelles espèces au sein du genre Begomovirus: (1) le Tomato leaf curl Madagascar virus (ToLCMGV) détecté à Madagascar dans trois régions de la côte ouest, Miandrivazo, Morondava et Toliary et (2) le Tomato leaf curl Mayotte virus (ToLCMYV) détecté à Mayotte, sur la côte est à Dembeni et sur la côté ouest à Combani et Kahani. Ce dernier a également été détecté aux Seychelles à Mahé et dans le nord de Madagascar à Namakely et à Ambilobe. La distinction de deux nouvelles espèces a été confirmé par la séquence complète de l'ADN-A de deux isolats du ToLCMGV-[Morondava] et -[Toliary] de Madagascar, de deux isolats du ToLCMYV-[Dembeni] et - [Kahani] de Mayotte et d'un isolat réunionnais du TYLCV-Mld[RE]. A l'exception de l'isolat Toliary, le pouvoir infectieux des clones viraux a été vérifié par agroinfection de jeunes plants de tomate. Ces clones agroinfectés provoquent des symptômes typiques de nanisme et de feuilles en cuillère comparables à ceux observés au champ, et sont transmissibles par aleurode B. tabaci. Ceci suggère que l'ADN-A représente l'intégralité du génome de ces virus. De