Sous climats tropicaux humides à sub-humides, la gestion de l'azote pose souvent problème pour une production agricole durable. Une étude réalisée dans les Cerrados brésiliens a montré que les systèmes SCV peuvent améliorer la valorisation de cet élément. Sur le long terme, les moindres pertes par érosion et la forte restitution de résidus avec ces systèmes contribueraient à une augmentation de 83 kg ha-1 an-1 des stocks de N total du sol. Ainsi, les SCV permettent après 10 ans d'application d'augmenter de 25 kg ha-1 l'azote minéralisé durant les 120 jours du cycle du maïs. Sur le court terme, on constate que les résidus se décomposent lentement en surface du fait de leur faible surface de contact avec la matrice sol, sans qu'il y ait d'immobilisation en début de cycle par le pool microbien. Il y a parfois peu de différences liées à la nature de la plante intercalaire de couverture utilisée. Toutefois cette couverture peut jouer un grand rôle dans le recyclage de l'azote et diminuer ainsi les pertes totales par lixiviation de 25 à 50 %. En effet, ces pertes sont d'autant plus importantes qu'un important pool de N minéral est présent dans le profil en début de saison des pluies parce que non valorisé par une plante de couverture en fin de cycle précédent.