N'ayant pas encore suffisamment investi dans les travaux en économie des filières, ma contribution porte sur les problématiques qui me conduisent à aborder ce domaine et des exemples sur lesquels j'espère commencer de mobiliser l'approche filières, du fait de problématiques partagées (formes d'organisation, partage de la valeur ajoutée, diffusion des innovations …). En introduction, je décris la démarche intégrative entreprise au Cirad et dans l'UPR Biomasse-Energie, pour des réponses plus complètes et mieux fondées, aux questions posées par l'essor des bio-énergies. Face aux enjeux sociétaux, je situe la contribution possible du Cirad à deux niveaux : un rôle de contre-proposition face aux risques du scénario "business-as-usual" et une démarche pluri-disciplinaire en prise avec les terrains. L'approche économique a priori la plus complète (modélisations macro et technico-économiques et bouclage par effets-prix et paramètres des fonctions macro) se heurtant au problème des données, une pluralité d'ancrage théorique est pertinente, tout dépend de la question. Avec une question de recherche sur la prise en compte des objectifs de développement durable (carbone, équité, long-terme…) et sa compatibilité avec la rentabilité des bioénergies, la filière représente le bon découpage et l'approche filière est pertinente pour sa puissance descriptive. Encore faut-il expliciter auparavant sa définition de la filière, sa méthodologie pour traiter de filière ne fonctionnant pas encore, le point de vue duquel on se situe. Les limites d'ores et déjà perçues concernent le traitement de variables non monétaires notamment environnementales et la dimension temporelle des choix de filières avec le degré variable d'irréversibilité des choix technologiques sous-jacents.