Les maladies et ravageurs sont nombreux et peuvent avoir des impacts économiques importants, jusqu'à la mise en quarantaine (matériel soumis à réglementation pour le mouvement) et l'interdiction d'exporter vers d'autres zones de production afin d'éviter la dissémination d'organismes nuisibles. L'utilisation de porte-greffe tolérants représente une mesure efficace dans la lutte contre certains organismes, car le choix des variétés reste souvent dicté par le marché. Outre la production de matériel végétal sain, la lutte contre ces maladies et ravageurs associe généralement des composantes génétiques, biologiques et chimiques dans le cadre de systèmes de protection intégrée.