Parmi les phytovirus, le genre Begomovirus (ADN circulaire simple brin), transmis par l'aleurode Bemisia tabaci, est responsable de nombreuses maladies émergentes d'importances économiques majeures sur diverses cultures. Dans le contexte des îles du Sud-Ouest de l'océan Indien (SWIO), l'étude de la diversité génétique des bégomovirus a dévoilé l'existence d'une extraordinaire diversité virale. La reconstruction phylogénétique a montré que les virus des îles SWIO étaient associés au groupe "Africain Méditerranéen" des bégomovirus monopartites et bipartites, et qu'ils présentent une origine polyphylétique. L'analyse des facteurs évolutifs associés à la genèse de cette diversité, a permis (1) de montrer que la recombinaison avait pris une part prépondérante dans l'évolution de ces virus, et (2) de décrire l'existence de hot spot et de cold spot de recombinaison sur le génome des bégomovirus (Lefeuvre et al., JGV 2007). La réalisation d'une analyse globale basée sur les séquences de bégomovirus disponibles dans les bases de données, a permis de suggérer l'intervention de facteurs mécanistiques et/ou sélectifs dans le façonnage des profils de recombinaison. Des raisons mécanistiques associées à des conflits entre les complexes de réplication et de transcription ont été avancées quant à l'origine de la création des recombinants. L'étude du niveau de perturbation des protéines après recombinaison (analyse SCHEMA) démontre qu'une fois créés, les recombinants sont soumis à une forte sélection purificatrice agissant sur les réarrangements délétères (Lefeuvre et al., PLoS Pathogens 2007). A terme, seuls devraient persister les virus recombinants pour lesquels la recombinaison n'aura pas perturbé les multiples réseaux d'interactions codés par le génome et responsables des fonctions biologiques du virus. L'élargissement de cette même analyse à l'ensemble des virus à ADN circulaire simple brin, présentant pourtant des gammes d'hôtes très variées (animaux, végétaux et bactéries),