La pisciculture dans le bassin du Mékong repose, pour une bonne part, sur la production d'espèces indigènes. La domestication est une pratique traditionnelle dans le prolongement de la pêche. Aujourd'hui, 32 espèces indigènes sont produites à des niveaux divers \; le poisson-chat, Pangasianodon hypophthalmus, domine largement avec plus d'un million de tonnes, suivi par trois espèces avec plusieurs dizaines de milliers de tonnes produites pour chacune \; il s'agit du silver barb (Barbodes gonionotus), du snakehead fish (Channa micropeltes) et de la climbing perch (Anabas testudineus). Elles sont bien adaptées aux conditions d'élevage de la région, étangs, cages et rizipisciculture, et elles peuvent être produites à différents niveaux d'intensification. Le rendement en étangs est généralement élevé avec les espèces qui ont une respiration aérienne complémentaire (jusqu'à 1 000 t/ha par an de P. hypophthalmus en enclos dans le Mékong). La disponibilité en alevins constitue le principal facteur déterminant dans le choix des espèces, suivi par la rusticité et la valeur marchande. Le régime alimentaire intervient peu, mais ce paramètre va devenir important compte tenu de la raréfaction du poisson fourrage utilisé traditionnellement. Par ailleurs, le contexte évolue rapidement avec la diminution des stocks de populations naturelles de poissons, l'introduction d'espèces exotiques et la production d'hybrides pour la pisciculture. La domestication devient alors un moyen privilégié de préserver la biodiversité \; les programmes de R&\;D en cours concernent surtout des espèces menacées.