En devenant une référence, une contrainte, une action performative pour l'ensemble des activités économiques, le développement durable transforme non seulement les pratiques productives et organisationnelles, mais il produit également de nouveaux objets et situations de recherche qui nécessite des renouvellements méthodologiques. À l'occasion d'un programme de recherche sur l'élaboration d'une démarche d'évaluation du développement durable dans l'aquaculture, un protocole méthodologique a été élaboré de façon interdisciplinaire et en prenant en compte les représentations des acteurs. Il permet notamment de rendre compte de l'insertion territoriale et institutionnelle des systèmes aquacoles. La logique de la démarche de coconstruction qui est menée, partant des principes pour identifier les critères puis les indicateurs, comporte une dimension générique de façon à pouvoir être appliquée à d'autres systèmes aquacoles, voire à d'autres secteurs. Après avoir présenté les hypothèses et postulats qui fondent la démarche, les auteurs présentent le programme de recherche en insistant sur les aspects méthodologiques. En conclusion, ils discutent de l'intérêt et des modalités de généralisation de la méthode, ainsi que du statut de la relation construite avec les acteurs à cette occasion.