Coffea canephora Pierre ex Frohener est une plante pérenne originaire d'Afrique. Deux groupes de diversité, les Guinéens et les Congolais, ont déjà été identifiés chez cette espèce. Ils correspondent à des zones refuges importantes en Afrique occidentale et centrale. Dans cet article, nous présentons l'analyse d'une région jamais étudiée auparavant, l'Ouganda. Deux populations sauvages, une férale et deux populations cultivées ont été analysées avec 24 marqueurs microsatellites. L'hétérozygotie attendue était forte, de 0,48 à 0,54 pour les populations sauvages, et de 0,57 à 0,59 pour les cultivées et les férales, avec un nombre d'allèles spécifiques de 12 pour les génotypes cultivés à 37 pour un compartiment sauvage. Les échantillons d'Ouganda montrent une forte structuration en populations. Dix-huit marqueurs ont été utilisés pour comparer les populations de caféiers ougandais à celles des autres groupes de diversité déjà identifiés chez l'espèce. Les génotypes de C. canephora d'Ouganda s'avèrent différents de ceux des autres groupes préalablement identifiés, ils forment donc un nouveau groupe de diversité de l'espèce. Compte tenu de sa grande zone de répartition et de sa domestication extrêmement récente, cette espèce nous permet d'avoir une bonne image de la dynamique des refuges et de ses conséquences sur la diversité génétique.