Dans le contexte actuel de déforestation, l'agroforesterie est de plus en plus considérée en zone tropicale pour sa potentielle contribution à la conservation de la biodiversité. En Guinée Forestière (Guinée, Afrique de l'Ouest), l'évolution rapide des agroforêts (réduction du temps de jachère, crise de la filière café, pression foncière) pose la question de la durabilité de ces écosystèmes. L'objectif principal de cette étude a été de caractériser la diversité arborée associées aux agroforêts à café et de les comparer à une forêt naturelle. Soixante parcelles d'agroforêt ont été échantillonnées sur trois villages de la région et vingt parcelles sur la forêt classée de Ziama à l'aide d'une méthode de transect à aire variable. Le second objectif de l'étude était de déterminer l'influence des pratiques paysannes sur la diversité arborée en utilisant la même méthode. Les agroforêts à café de Guinée Forestière détiennent une importante diversité arborée et 40% des espèces inventoriés dans la forêt de Ziama ont été relevées dans les agroforêts mettant ainsi en relief le rôle clé que peuvent jouer des agrosystèmes pour la conservation de la biodiversité à l'échelle régionale. Les pratiques paysannes notamment celles liées à la gestion de l'ombrage déterminent à l'échelle de la parcelle la diversité arborée. En terme de développement local, les parcelles à café avec un couvert arboré intermédiaire offrent le meilleur compromis entre conservation de la diversité arborée, rendement en café, travail pour l'agriculteur et production annexes.