La détermination de l'origine géographique est une demande du système de traçabilité des denrées alimentaires d'import-export. Une hypothèse de retrouver la source d'un produit est en analysant de façon globale les communautés microbiennes de la nourriture et des liens statistiquement cette analyse à l'origine géographique des produits alimentaires. La technique moléculaire employant rADN 26S, 28S profils générés par PCR-DGGE a été utilisée pour détecter la variation dans les structures communautaires de levure et moisissure de fruits (El Sheikha et al., 2009). Nous avons appliqué cette nouvelle technique sur des fruits Physalis de trois pays (Égypte, Colombie, Ouganda) et sur le karité à partir de quatre pays (Cameroun, Mali, Sénégal, Ouganda). Les gels DGGE ont montré des différences significatives dans les schémas de migration. Toutefois, les doublons pour chaque point d'échantillonnage donne statistiquement les modèles DGGE similaires à travers l'étude. Nous avons démontré qu'il y avait un lien entre les populations de levures et l'aire géographique. Les profils de bande de différents pays étaient différentes et sont spécifiques pour chaque pays et pourrait être utilisé comme un code-barres de discriminer l'origine des fruits. Cette méthode est un outil de traçabilité qui offre de nouveaux produits fruitiers avec un code-barre unique et permet de retracer les fruits dans leur pays d'origine. Physalis est inclus dans la liste prioritaire de l'horticulture de nombreux gouvernements et d'exportation de fruits. Il est exporté dans plusieurs pays comme la Colombie, l'Egypte, le Zimbabwe et l'Afrique du Sud, mais la Colombie se distingue comme l'un des plus grands producteurs, consommateurs et exportateurs. Les exportations de la Colombie de Physalis en 2004 ont une valeur de 14 millions d'USD (El Sheikha et al., 2008a). En Egypte, l'importance économique de Physalis est en hausse, en raison, la réalisation d'un grand succès en arabe local, et les marchés européens (E