L'hybridation interspécifique est une méthode couramment utilisée pour introduire des caractéristiques désirables, à partir de variétés sauvages apparentées, dans certaines cultures. C'est une méthode qui a été utilisée pour améliorer plusieurs espèces comme le Agrostis spp, le Brassica napus, et le Lycopersycum spp et pour générer d'autres espèces comme le triticale. Les sélectionneurs de plantes ont introduit plusieurs gènes de variétés sauvages apparentées, essentiellement des gènes résistants aux maladies mais aussi des gènes qui permettent de contrôler la productivité et la qualité. Pour le cacaoyer, en dépit du grand nombre d'espèces appartenant au genre Theobroma, seuls le T. cacao et le T. grandiflorum sont exploités à des fins commerciales. Il n'est pas facile d'obtenir des hybrides interspécifiques dans ce genre. Certains problèmes, comme l'incompatibilité sexuelle, ont été observés lorsqu'on a essayé de produire ces d'hybrides. De nos jours, certaines techniques, comme la pollinisation de très jeunes boutons, suivie de techniques de récupération d'ovules ou d'embryons peuvent permettre de surmonter ces problèmes. L'hybridation interspécifique sert à l'introgression de caractéristiques intéressantes dans certaines cultures et pour l'établissement de cartes génétiques, l'isolation et la dessication de gènes importants. On ne sait pas grand-chose du comportement génétique et phénotypique des autres espèces du genre concernant des caractéristiques importantes telles que la résistance aux maladies, la productivité et la qualité des graines ou de simples caractéristiques comme la capacité du pollen à germer sur le stigmate, la fréquence de pistils montrant des tubes polliniques et l'efficacité de la fertilisation des ovules ou la croissance et les fonctions photosynthétiques. Il faut procéder à un criblage des collections des espèces sauvages apparentées au cacaoyer pour établir leur résistance aux plus importantes caractéristiques comme la capacité du po