La culture du cacaoyer en Côted'Ivoire est assurée par des milliers de paysans qui s'adressent rarement aux fournisseurs officiels de semences pour les extensions de leurs plantations. Les sources d'approvisionnement en semences sont variées. Par conséquent, la diversité du matériel existant dans le milieu pays an est mal connue. Dans cette étude, la diversité génétique de 554 individus issus des plantations paysannes des six zones de culture suivantes a été étudiée : Abengourou, Aboisso, Divo, Gagnoa, Daloa et Soubré. Les arbres analysés ont été sélectionnés par les paysans selon les critères de production, de résistance à la pourriture brune des cabosses et de résistance aux insectes. Les paramètres de diversité génétique ont été calculés à partir des données moléculaires issues de 13 loci microsatellites. Les résultats obtenus ont montré que les zones d'Abengourou et d'Aboisso sont les plus riches en allèles. L'hétérozygotie observée est dans l' ensemble très élevée. Les plus fortes valeurs ont été observées dans les zones de Gagnoa et de Soubré et la plus faible valeur d'hétérozygotie a été observée dans la zone de Divo. Dans l'ensemble, les populations des différentes zones ont présenté une grande ressemblance. Les populations d'Aboisso et de Divo sont génétiquement proches. Il en est de même pour celles de Gagnoa et de Daloa.