La sélection récurrente réciproque est une méthode développée pour améliorer simultanément les performances de deux populations à caractères complémentaires. Son application à la sélection du cacaoyer a commencé par la mise en place de deux populations de base dont l'une est composée de cacaoyers Haut-amazoniens (HA0) et l'autre d'un mélange de Bas-amazoniens et de Trinitario (BA0). Après le premier cycle de sélection récurrente intra population, la présente étude a évalué la diversité des différentes populations. L'analyse moléculaire portant sur les données fournies par 12 couples d'amorces microsatellites a montré dans l'ensemble une diversité intra population élevée (Hs =0.643) et une faible différenciation génétique entre les populations (Gst =0.0403). La diversité génétique est plus élevée dans la population des haut-amazoniens. La sélection intra population a conduit à une réduction des paramètres de diversité mais l'apport de génotypes supplémentaires a sensiblement augmenté la diversité des populations améliorées. Toutefois, les valeurs sont restées inférieures à celles des populations de base.