En culture cotonnière biologique, la fertilité des sols et la maitrise des bioagresseurs sont les deux contraintes agronomiques majeures. Au Paraguay, la filière cotonnière biologique se développe depuis 2003. Le présent article fait suite à une étude exploratoire qui a été réalisée en 2008 dans le but d'appréhender la construction de la filière et d'identifier des contraintes économiques et organisationnelles. Ce deuxième article rapporte une analyse de la production et des contraintes agronomiques. L'étude a été effectuée en période de récolte du coton sous la forme d'entretiens avec les acteurs institutionnels et les producteurs. Avec plus de 200 tonnes de coton-graine produites dès 2006-2007, le Paraguay est devenu le deuxième producteur de coton biologique sud-américain derrière le Pérou. En 2007-2008, le rendement moyen enregistré de 492 kg.ha-1 de coton-graine a été sous-estimé en raison d'importantes fuites de production vers la filière conventionnelle. Les pratiques de gestion de la fertilité des sols, de fertilisation de la culture et de lutte contre les ravageurs, notamment contre le charançon des capsules Anthonomus grandis, s'inscrivent dans un système de culture avec rotation sans brûlis, avec fumier de ferme, cultures d'engrais verts et des intrants fermiers, diversement préparés et appliqués. Leur efficacité, jugée bonne par les prescripteurs et les utilisateurs, n'a pas été formellement étudiée. Dans tous les cas, des recherches sont nécessaires pour identifier les processus biologiques mis en oeuvre lorsqu'ils sont peu ou pas connus, pour appréhender qualitativement et quantitativement la variabilité des pratiques paysannes et enfin pour intégrer leurs effets à différentes échelles d'espace et de temps.