La biomasse a suscité ces dernières années un intérêt renouvelé pour la production d'énergie. L'attention s'est focalisée, entre autres, sur les agrocarburants et sur les pays du Sud pour la production de biomasse. En Afrique, la majorité des filières agrocarburants sont à l'heure actuelle dans une phase d'émergence. Au Mali et à Madagascar, ces dernières visent principalement la valorisation des graines de jatropha pour l'électrification rurale ou le transport (biodiesel pour le marché national, ou Huile Végétale Pure pour l'export). Dans la littérature en économie des filières, la plupart des analyses s'intéressent au mode de gouvernance et aux stratégies de gestion du risque dans des filières d'ores et déjà établies. L'exemple des agro carburants produits à partir du Jatropha offre l'opportunité de s'interroger sur les processus de construction des filières. Il permet d'analyser les stratégies de gestion de risque dans un contexte d'incertitudes élevées, liées non seulement à la nécessaire coordination d'activités de production agricoles et de distribution d'énergie mais aussi au caractère méconnu de la culture, à la mise au point de procédés de conversion énergétique adaptés aux contextes africains et à l'adoption de nouvelles pratiques par les distributeurs d'énergie ou les consommateurs finaux. Sur la base de l'analyse des dynamiques en cours au Mali et à Madagascar, l'objectif de l'article est double. Il vise tout d'abord à identifier les opérateurs qui jouent un rôle moteur dans le développement des filières Jatropha et à analyser leurs outils de gouvernance. Il étudie ensuite la façon dont ces opérateurs " moteurs " mobilisent ces outils de gouvernance pour gérer les risques de production, de transformation et de mise en marché.