La biomasse a suscite, ces dernieres annees, un interet renouvele pour la production d'energie. L'attention s'est focalisee, entre autres, sur les agrocarburants et sur les pays du Sud pour la production de biomasse. En Afrique, la majorite des filieres agrocarburants sont a l'heure actuelle dans une phase d'emergence. Au Mali et a Madagascar, ces dernieres visent principalement la valorisation des graines de jatropha, pour l'electrification rurale ou le transport (biodiesel pour le marche national, ou huile vegetale pure pour l'export). Dans la litterature en economie des filieres, la plupart des analyses s'interessent au mode de gouvernance et aux strategies de gestion du risque dans des filieres d'ores et deja etablies. L'exemple des agro carburants produits a partir du Jatropha offre l'opportunite de s'interroger sur les processus de construction des filieres. Il permet d'analyser les strategies de gestion de risque dans un contexte de nombreuses incertitudes, liees non seulement a la necessaire coordination d'activites de production agricoles et de distribution d'energie, mais aussi au caractere meconnu de la culture, a la mise au point de procedes de conversion energetique adaptes aux contextes africains et a l'adoption de nouvelles pratiques par les distributeurs d'energie ou les consommateurs finaux. Sur la base de l'analyse des dynamiques en cours au Mali et a Madagascar, l'objectif de l'article est double. Il vise tout d'abord a identifier les operateurs qui jouent un role moteur dans le developpement des filieres Jatropha et a analyser leurs outils de gouvernance. Il etudie ensuite la facon dont ces operateurs ? moteurs ? mobilisent ces outils de gouvernance pour gerer les risques de production, de transformation et de mise en marche.