Le virus du swollen shoot du cacaoyer (famille des Caulimoviridae, genre Badnavirus) est un virus transmis par cochenilles et présent dans toute la zone de production cacaoyère de l'Afrique de l'Ouest. Les symptômes caractéristiques de la maladie sont le rougissement des nervures des jeunes feuilles et le gonflement des tiges et des racines. Ce virus, apparu en Afrique de l'Ouest dans les années 1920 a déjà été l'objet de plusieurs campagnes d'éradication mais la maladie n'est toujours pas significativement enrayée. La maladie n'existant pas dans la zone d'origine du cacaoyer, son apparition après l'introduction des cacaoyers en Afrique, pourrait être la conséquence d'un changement d'hôte à partir de plantes indigènes. De nouveaux foyers continuent à apparaître dans des zones jusque là indemnes, particulièrement dans différentes régions de Côte d'Ivoire, à l'Ouest du Ghana et dans le nord du Togo, ce qui pose des questions épidémiologiques sur l'origine de ces foyers. De manière à mieux comprendre l'origine et le fonctionnement des épidémies, la biodiversité du virus a été étudiée dans une zone conservée du génome viral de la première partie de l'ORF3. L'analyse de la variabilité moléculaire des isolats récoltés de 1998 à 2005 au Togo dans des foyers anciens et plus récents avait permis de mettre en évidence trois groupes majeurs A, B et C répartis de manière bien différenciée entre anciens et nouveaux foyers. Six cents nouveaux isolats, échantillonnés en Côte d'Ivoire en 2009 et 2010 dans des foyers anciens et récents, ont été étudiés dans la même partie du génome viral. De nouveaux groupes ont été mis en évidence par rapport à ceux identifiés au Togo et une image globale de la variabilité du virus du Cacao swollen shoot au Togo et en Côte d'Ivoire est maintenant disponible. Des hypothèses seront présentées pour expliquer la distribution géographique des différents groupes dans les foyers et plus particulièrement l'origine des isolats dans les nouveaux foyers. (Tex