Commodité intellectuelle perçue comme paradigme de l'écologie, l'écosystème semble devoir s'imposer comme concept clé de l'agroécologie. L'agrosystème serait dès lors un écosystème particulier. Or, l'analyse montre que ces deux concepts ne partagent pas les mêmes spécificités. En outre, l'agrosystème répond davantage aux avancées récentes de l'écologie alors que l'écosystème tend aujourd'hui à s'effacer derrière des concepts novateurs et davantage intégrateurs, tels que les réseaux d'interaction. Il manque notamment à l'écosystème la formalisation physique de contours tangibles et cartographiables, mais aussi le bénéfice et la reconnaissance d'une histoire. Mais la force principale du concept d'agrosystème est d'avoir inclus l'homme, qui en est précisément le pilote et qui l'inscrit dans un réseau d'interactions opérant sur des distances indéfinies. Pour de telles raisons, l'écosystème ne peut être envisagé comme un concept unificateur entre agronomie et écologie.