O cacau (Theobroma cacao) é uma espécie neotropical cultivada em diversos países, apresentando grande importância econômica e social. No Brasil, o cultivo de cacau apresenta-se em recuperação após a crise que ocorreu no final dos anos 80 devido ao alastramento de uma doença conhecida como "vassoura-de-bruxa". Esta doença é causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa que incapacita o cacau de seu pleno desenvolvimento, resultando na perda qualitativa e quantitativa dos seus frutos. Deste modo, este trabalho teve por objetivo analisar as interações proteômicas das cultivares de T. cacao TSH 1188 (resistente) e Catongo (sensível) quando submetidos a estresse patogênico pelo fungo M. perniciosa. Inicialmente, as sequências de DNA obtidas a partir da análise de expressão transcriptômica de T. cacao foram traduzidas pelo programa BLASTX para obtenção de proteínas ortólogas de Arabidopsis thaliana, que foi utilizado como referência para a análise de Biologia de Sistemas. Para a mineração de dados relacionados às proteínas de resistência a patógenos, foram usados os programas String 8.3 e The Arabidopsis Information Resource (TAIR). A topologia da rede de interação entre proteínas foi avaliada pelo programa Cytoscape 2.7.0. Para avaliação de agrupamentos e processos de ontologia gênica foram usados os plugins MCODE e BiNGO 2.3, respectivamente. Conforme a análise dos dados interatômicos, foi possível perceber que os processos relacionados a cultivar TSH 1188 infectada envolvem como processo inicial de defesa o aumento de ROS e ativação de proteínas de resistência por elicitores, seguido da estabilidade da parede celular e autofagia. No entanto, o cultivar Catongo apresenta como resposta à infecção um estado de estresse celular constante, e uma resposta tardia dos mecanismos de defesa, que incluem a síntese de compostos fenólicos, sinalização mediada por auxina e atividade proteossômica. Os dados obtidos poderão esclarecer aspectos relacionados à interação patogênica entre