La création de nouvelles variétés interspécifiques de bananiers résistantes aux maladies est un enjeu économique et environnemental majeur pour l'ensemble des pays producteurs. Elle repose sur la combinaison de types parentaux Musa acuminata (A) et Musa balbisiana (B). Or, l'ensemble des ressources M. balbisiana connues héberge des séquences endogènes infectieuses du virus de la mosaïque en tirets du bananier (eBSV). Ces séquences s'expriment dans la descendance des croisements entre parents M. acuminata et M. balbisiana sous l'action de stress abiotiques activateurs (culture cellulaire, différences de température), conduisant à un risque d'activation à grande échelle lors du déploiement en parcelles de variétés hybrides interspécifiques. De fait, la présence d'eBSV infectieux dans le génome de M. balbisiana est devenue la principale contrainte pour la création de nouvelles variétés de bananiers. Les recherches entreprises au CIRAD (Iskra Caruana et al, 2010) ont montré que le génome de l'espece modèle M. balbisiana Pisang KlutukWulung (PKW) héberge des eBSV de 4 espèces virales distinctes : BSOLV, BSGFV, BSImV et BSMysV. Ils ont également montré que les intégrations eBSOLV et eBSGFV dans le génome de PKW sont mono locus et di-alléliques, un seul des deux allèles étant infectieux, alors que les intégrations eBSImV sont également mono locus mais mono-alléliques, l'allèle unique étant infectieux. Ces travaux ont abouti à la mise au point d'outils moléculaires permettant de distinguer par PCR les deux types d'allèles. L'utilisation de ces outils nous a permis de caractériser vis-à-vis des allèles eBSOLV, eBSGFV et BSImV les ressources génétiques Musa du CIRAD contenant le génome M. balbisiana. Ce travail a mis en évidence une importante diversité des profils d'insertion eBSV dans ces ressources, qui présentent toutes les combinaisons possibles allèle infectieux / allèle non infectieux. Le potentiel d'activation des eBSV infectieux a été étudié dans une sélection d'acce