Le genre Vanilla Plumier ex Miller est un genre emblématique et ancestral de la grande famille des Orchidaceae, pour lequel la diversité et l'histoire évolutive sont méconnues. Dans cette étude, nous avons génotypé une collection de 96 accessions de vanilliers représentative de la diversité mondiale en utilisant un ensemble de marqueurs moléculaires classiques (chloroplastique, psaB, psbC, matK, trnH-psaB, et nucléaire, espaceur intergénique de l'ADN ribosomiques (ITS)), ainsi que de nouveaux marqueurs développés à partir des séquences de deux gènes nucléaires candidats, PAL et C4H. Ces différents marqueurs aboutissent à des reconstructions phylogénétiques convergentes. Nos résultats valident ainsi les propositions récentes de révision de la taxonomie infra-générique des vanilliers, basés sur une subdivision du genre en trois clades. Ils permettent également de mieux renseigner l'identification taxonomique de certaines accessions en collection au CRB VATEL. Les outils de " barcoding " développés et évalués dans ce travail permettront de poursuivre plus efficacement la caractérisation de la diversité des vanilliers.