Face aux menaces des grands bouleversements environnementaux, le développement des approches combinées de la biologie de la reproduction et de la diversité génétique des espèces végétales s'avère être essentiel pour améliorer et optimiser la conservation de la biodiversité. Le sud-ouest de l'océan Indien abrite un groupe monophylétique de sept espèces aphylles du genre Vanilla Plum Ex Miller (Orchidaceae, Vanilloideae), dont V. humblotii Rchb. f. et V. roscheri Rchb. f.endémiques de l'archipel des Comores et du sud-est africain respectivement. Leurs feuilles vestigiales, semblables à des écailles, leurs confèrent une adaptation aux forêts tropicales sèches mais elles peuvent se retrouver également en forêt tropicale mésophile. Dans un contexte où l'espèce cultivée du genre Vanilla, V. planifolia G. Jackson à l'origine de la gousse de vanille, est particulièrement vulnérable aux agressions biotique et abiotique à cause d'une base génétique extrêmement réduite dans les cultures, la plasticité écologique des vanilliers aphylles est un caractère majeur potentiellement exploitable pour améliorer l'espèce cultivée. Des missions de prospections ont permis d'identifier et d'échantillonner les populations naturelles de V.humblotii à Mayotte (Archipel Des Comores) et de V. roscheri sur les berges du lac Sibaya dans le KwaZuluNatal (Afrique Du Sud). Une étude de leur biologie de la reproduction, associant une évaluation des systèmes d'incompatibilité, des régimes de reproduction et une identification des pollinisateurs a été réalisée chez les deux espèces. En parallèle, des marqueurs microsatellites ont été développés à partir de ces espèces pour évaluer la diversité génétique de leurs populations, l'influence des modes et des régimes de reproduction sur la structuration génétique et spatiale des espèces à différentes échelles. A Mayotte, la fragmentation des populations naturelles de V. humblotii a entrainé la perte de diversité allélique mesurée dans de nombreuses population