La canne à sucre (Saccharum spp.) est une graminée saccharifère couvrant 70% de la production mondiale de sucre et 20% de la production mondiale d'éthanol. Les variétés modernes possèdent une structure génétique complexe, aneuploïde, hautement polyploïde et d'origine bispécifique. Des études récentes ont permis de mettre en évidence un déséquilibre de liaison important favorable à la réalisation d'études d'associations pan-génomiques. La feuille jaune de la canne à sucre est une maladie virale émergeante dont l'agent causal est le Sugarcane yellow leaf virus (Polerovirus, famille des Luteovirideae). Huit génotypes viraux ont été décrits à ce jour: BRA, CHN 1, CHN 2, CUB, HAW, IND, PER et REU. Seuls trois d'entre eux, différenciables par RT-PCR, sont présents en Guadeloupe: BRA-PER, CUB et REU. Le support génétique de la résistance de la canne à sucre à la feuille jaune est encore mal connu tout comme l'impact de la diversité du pathogène sur la résistance de l'hôte. Les objectifs de l'étude sont d'évaluer : 1/ la possibilité de marquer la résistance de la canne à sucre au SCYLV, 2/ l'impact de la diversité de l'agent pathogène sur la résistance de la canne à sucre à la maladie. Les études d'association, décrites ici, ont été effectuées sur un panel diversifié de 189 variétés de canne à sucre, expérimenté dans deux essais successifs (2005 et 2007) dans un dispositif en trois blocs complets, randomisés. Ces essais ont été suivis pendant trois ans. Pour optimiser l'étude quatre caractéristiques phénotypiques ont été évaluées : l'incidence et la densité virale de la maladie dans les feuilles et dans les tiges des variétés étudiées. Ces données ont été associées à plus de 4000 marqueurs AFLP et DArT à l'aide du logiciel Tassel (V3.0) en utilisant le modèle linéaire généralisé (GLM) et le modèle linéaire mixte (MLM). Cette étude d'association m'a permis d'identifier six marqueurs significatifs associés à la résistance au SCYLV. Les phénotypages obtenus à l'aide des échant