Le virus du swollen shoot du cacaoyer (famille des Caulimoviridae, genre Badnavirus) est un virus transmis par cochenilles et présent dans toute la zone de production cacaoyère de l'Afrique de l'Ouest. Les symptômes caractéristiques de la maladie sont le rougissement des nervures des jeunes feuilles et le gonflement des tiges et des racines. Malgré les nombreuses campagnes d'éradication depuis son émergence dans les années 20, la maladie n'est toujours pas significativement enrayée. De nouveaux foyers continuent à apparaître dans des zones jusque là indemnes, particulièrement dans différentes régions de Côte d'Ivoire, à l'Ouest du Ghana et dans le Litimé, principale région cacaocole du Togo, ce qui pose des questions épidémiologiques sur l'origine de ces émergences. Une meilleure connaissance de la biodiversité du virus et de sa répartition géographique au sein des foyers est un élément indispensable pour mieux comprendre l'historique de l'émergence et le fonctionnement des épidémies. L'étude phylogénétique réalisée à partir de séquences partielles, définies au niveau d'une zone conservée de la première partie de l'ORF3 du génome viral (720pb), provenant de 134 isolats de Côte d'Ivoire, 111 isolats du Togo et une cinquantaine d'isolats du Ghana a déjà permis de différencier une quinzaine de groupes. Parmi ces groupes, en se basant sur la nomenclature virale des Badnavirus, au moins 5 groupes pourraient correspondre à des espèces virales différentes de l'espèce CSSV de référence, Agou 1 du Togo. Trois groupes majeurs (A, B et C) sont présents au Togo dont un seul est spécifique à ce pays jusqu'à présent, tandis que le Ghana et la Côte d'Ivoire comprennent un nombre bien plus important de groupes différents avec plusieurs groupes spécifiques à chacun de ces deux pays. Les groupes mis en évidence séparent les isolats analysés plutôt selon leur origine géographique que selon leur agressivité. L'image globale de la variabilité du virus du Cacao swollen shoot au Togo, en