O efeito do preparo do solo proporciona a ruptura dos agregados expondo o carbono (C) protegido entre e intra-agregado à ação decompositora da microbiota. O objetivo desse trabalho foi avaliar o efeito de diferentes usos da terra e de sistemas de produção proteção e acúmulo de C nos agregados do solo em ecossistema subtropical e tropical. Este trabalho foi realizado em Ponta Grossa - PR (PG) em um Latossolo Vermelho de textura muito argilosa (675 g kg-1) há 29 anos com diferentes manejos e em Lucas do Rio Verde - MT (LRV) em um Latossolo Vermelho Amarelo de textura argilosa (490 g kg-1) com 8 anos de manejo. Os tratamentos consistiram em três usos da terra sendo: Preparo convencional (PC), plantio direto (PD) e uma vegetação nativa (VN) de cerrado (LRV) e floresta (IAPAR). A separação das classes de agregados (8, 4, 2, 1, 0.5, 0.25, 0.053 mm) foi realizada através da tamisação por via úmida em cada uso da terra e sistemas de produção em três profundidades de amostragem (0-5, 5-10, 10-20 cm). O conteúdo de C orgânico (COT) de cada classe foi determinado pelo método da combustão seca. Em PG, o PD proporcionou a porcentagem de agregados com tamanho entre 8 a 19 mm e maior diâmetro médio em todas as profundidades amostradas. Entretanto, o maior conteúdo de C foi constatado no solo sob VN em todas as classes de agregados. Em contraste, o conteúdo de C no PC foi constante nas diferentes classes de agregado. O PC afetou significativamente a agregação com uma proporção maior de agregados menores do que 2 mm e um conteúdo de C menor em cada classe. Na camada 0-5 cm o conteúdo medio de C diminui de 74,9 g kg-1 sob VN para 49,2 g kg-1 no PD e 33,4 g kg-1 no PC, representando 34% e 55% de perda devido ao uso da terra. Em LRV, a diferença significativa no tamanho medio do agregado e no conteudo de C foram observadas entre o VN e o PC e nos sistemas de produção em PD. Em LRV o conteúdo de C foi melhor distribuído nas classes de agregado e no VN o conteudo de C foi de 41,2 g kg-1