En tant que région ultra-périphérique, les Antilles françaises bénéficient des aides de la Politique Agricole Commune (PAC) avec des dérogations qui sont le fruit de négociations entre acteurs locaux, ministères français et Union européenne. Le constat des impacts négatifs de la monoculture bananière sur l'environnement a conduit la recherche agronomique à développer des innovations techniques (jachères + vitroplants) diffusées auprès des agriculteurs et soutenues financièrement par des mesures agri-environnementales (MAE). Cet article identifie les limites de ces innovations techniques pour réduire l'utilisation de pesticides. Nous mobilisons pour cela des résultats d'enquêtes auprès d'agriculteurs et d'acteurs d'institutions conduites au fil de projets de recherche menés en Guadeloupe entre 2001 et 2013. La principale mesure soutenue par les MAE (Jachère sanitaire naturelle de lutte contre les nématodes suivie d'une plantation de vitroplants de banane) permet une réduction de l'usage des nématicides, mais induit l'usage d'herbicides. Les MAE représentent un montant financier marginal par rapport à l'ensemble des soutiens accordés à la filière bananière. La principale MAE (jachère & vitroplants) est mise en oeuvre dans des exploitations qui pratiquaient déjà la jachère et utilisaient des vitroplants. Des pistes d'amélioration du processus de gouvernance de l'innovation agronomique sont proposées : analyse de la diversité des exploitations, interactions entre sciences biotechniques et sociales et suivi-évaluation permettant d'ajuster les orientations prises si nécessaire.