Rasltonia solanacearum, une béta-proteobactérie d'origine tellurique, responsable du flétrissement bactérien sur de nombreuses solanacées maraîchères. Il est nécessaire de connaitre la biologie d'un organisme phytopahtogène, sa structure génétique et de sont mode de transmission afin de mettre en place de stratégie de sélection de résistance durable pour éviter tout contournement de résistance. Ainsi cette étude s'attache dans un premier temps à caractérisé la structure génétique des souches de R. solanacearum naturellement présente dans notre parcelle et dans un second temps d'évaluer l'effet de la culture d'une variété résistante sur la structure de cette population. 670 souches provenant de 3 essais spatio-temporellement différents ont été extraites et identifié comme appartenant au phylotpe I de R. solanacearum. Le génotypage de ces souches à l'aide de 13 loci minisatellites (VNTR) spécifique au phylotype I à révélé une faible variabilité génétique au sein de notre collection de souche ainsi qu'un très faible polymorphisme des marqueurs utilisées ; seul CMR0985 est polymorphe. De plus, on observe une faible diversité génétique au sein de notre parcelle avec un He compris entre 0,00 et 0,53 et 99 haplotypes identifiés. Cependant un gradient de diffusion vertical est visible par observation symptomatologique confirmée par des analyses de la variance moléculaire (AMOVA) et par les Fst. On observe aussi un effet filtre de la plantes avec un taux de recombinaison plus fort chez les populations issues de tomates et d'aubergine résistante. Pour les aubergines résistantes, une baisse de la diversité des populations bactériennes a été observé dans ainsi qu'une diversité différentielle ente les compartiments. Le fond génétique de l'espèce végétale semblerait influencer les structures génétiques de populations pathogènes. Ces résultats restent cependant à confirmer notamment par le développement de marqueurs moléculaire spécifique au phylotype I et par la collecte de nouve