L'émulation née autour de la production des biocarburants a favorisé l'installation de projets biocarburant au Burkina Faso dans l'objectif de promouvoir le développement économique. L'enjeu de la production de bioénergie suscite l'implication d'une multiplicité d'acteurs formant ainsi un système d'innovation sectoriel. Cette communication propose de retracer l'historique de l'émergence du système de production et d'innovation des bioénergies tout en faisant ressortir leurs conséquences sur les trajectoires d'innovation. L'approche système d'innovation est mobilisée comme cadre d'analyse avec un travail d'enquête à l'appui. Les premières recherches sur les bioénergies ont été menées en 1987. Cependant le système d'innovation bioénergies n'a réellement émergé qu'au cours des 5 dernières années suite à la ruée vers le " pétrole vert ". Deux modèles de production sont actuellement observés. L'analyse montre une faiblesse des interactions des acteurs mais aussi une méconnaissance des techniques de production. Un vide réglementaire et d'encadrement existe dans la filière, ceci interpelle sur la nécessité de mettre en place un environnement politique et institutionnel favorable à l'essor de l'activité.