Dans cet article nous mettons en lumière les questionnements que l'écologisation des pratiques agricoles adresse aux cadres conceptuels de l'agronomie visant à comprendre lesdites pratiques et à concevoir de nouveaux systèmes de production. En considérant que l'écologisation repose souvent sur le retrait ou la réduction de l'usage d'intrants ou d'opérations techniques, et sur leur substitution par des processus et des auxiliaires naturels, nous pointons la nécessité pour l'agronomie de considérer en tant que telle l'action d'objets de la nature, et non plus seulement celle de l'agriculteur. À partir d'une analyse de textes fondateurs de l'agronomie des pratiques en France, nous montrons que ces objets et processus naturels ont jusqu'alors été considérés en priorité comme des facteurs limitants. Nous posons alors plusieurs pistes de réflexion pour les intégrer dans l'analyse, grâce notamment à la mobilisation de réflexions issues de la sociologie de l'innovation ou de la sociologie du travail. Nous invitons ainsi à redéfinir le périmètre de l'action considérée, dans le temps, dans l'espace et dans la diversité des entités qu'elle engage.