Les stomoxes sont des vecteurs mécaniques de pathogènes présents dans le sang et les tissus cutanés de leurs hôtes, spécialement le bétail, mais aussi parfois les humains. Pour le bétail, leurs effets directs sont principalement la perturbation des animaux, les lésions de la peau, la réduction de l'alimentation, le stress, la spoliation sanguine et un effet immunosuppressif global. Ils entrainent aussi le regroupement des animaux pour une protection mutuelle ; tout cela favorise le développement des parasites chez les hôtes et leur transmission. Leur effet indirect est la transmission mécanique de pathogènes. En cas de repas interrompu, les stomoxes peuvent reprendre leur repas de sang sur un autre hôte. En injectant de la salive avant l'absorption de sang, ils peuvent inoculer du sang infecté qui restait sur leurs pièces buccales. En plus de cette transmission immédiate, il a été observé que les stomoxes pouvaient conserver du sang dans leur jabot, qui offre un meilleur environnement pour les pathogènes. Ces derniers peuvent être régurgités lors du prochain repas de sang. Ainsi, une transmission retardée semble possible par les stomoxes. Un tel mécanisme a une conséquence épidémiologique considérable, puisqu'il permet une transmission de pathogènes entre les troupeaux. Les virus de l'anémie infectieuse équine, de la fièvre porcine africaine, des fièvres à West Nile ou de la Vallée du Rift, sont connus pour être transmis par des stomoxes ; d'autres sont suspectés. Des rickettsies (Anaplasma, Coxiella), d'autres bactéries et des parasites (Trypanosoma spp., Besnoitia spp.) sont aussi transmis par les stomoxes. Enfin, les stomoxes sont aussi des hôtes intermédiaires de l'helminthe Habronema microstoma et pourraient être impliqués dans la transmission de certaines espèces d'Onchocerca et de Dirofilaria. En étant cosmopolite, Stomoxys calcitrans pourrait avoir un impact plus important qu'initialement imaginé sur la transmission de pathogènes aux animaux et aux humains.