La herencia de los organismos vivos se puede establecer con la distinción entre el genotipo y el fenotipo, por ello descifrar esto es esencial para el mejoramiento: la búsqueda de ideotipos (o fenotipos perfectamente adaptados) y en esta regla entra el análisis de la palma de aceite. Tanto el clima como las actividades humanas interactúan con la información contenida en el material genético para generar fenotipos. Establecer el contenido genético de las palmas es muy complejo por las diversas variables que se deben tener en cuenta y pese a largos años de investigación poco se sabe con precisión. Sin embargo, gracias a los procesos de investigación y de progreso en el conocimiento de estos fenómenos se han registrado importantes avances, tanto en la estructura del genoma como en el mecanismo de expresión de los genes y han allanado el camino hacia el Mejoramiento Asistido por Marcadores. Para una mejor comprensión de estos aspectos se deben definir los términos de genotipo, fenotipo y medio ambiente. El genotipo para los organismos, plantas clonales o animales que se reproducen asexualmente, el material heredado es una copia directa del ADN de su progenitor. El fenotipo se determina por la descripción de las características físicas y de comportamiento del organismo, por ejemplo su tamaño, forma, color o sus actividades metabólicas y el medio ambiente no es solo el mundo exterior, sino también al ambiente celular y subcelular. Estos tres conceptos interactúan entre sí e inciden, como por ejemplo, un cambio en el medio ambiente puede afectar el fenotipo, de ahí que el mejorador trabaja con los fenotipos y hace inferencias acerca de los genotipos, mediante los datos estadísticos y la bioinformática.