L'amélioration des pratiques de gestion des maladies infectieuses émergentes de plantes passe par une meilleure compréhension des déterminants écologiques ct évolutifs des émergences ainsi que de fonctionnement démo-génétique des populations pathogènes émergentes. En génétique des populations, les développements récents de méthodes de statistiques basées sur la modélisation telles que les analyses de type " Approximate Bayesian Computation " (ou ABC) permettent aujourd'hui de tester des scénarios évolutifs complexes et inférer des paramètres clés de l'histoire génétique récente de populations émergentes. Après avoir brièvement exposé le principe généra l des analyses ABC, j'illustrerai l'intérêt de ces méthodes pour retracer l'histoire évolutive ct comprendre le fonctionnement actuel des populations pathogènes au travers de deux exemples. Le premier traitera de la colonisation de l'Afrique par le champignon Mycosphaerella fijiensiss, responsable de la maladie des raies noires du bananier. Je montrerai notamment que les données génétiques peuvent modifier considérablement la compréhension de l'histoire de propagation d'une maladie à celle échelle. Le deuxième exemple concernera l'inférence de paramètres démographiques ct génétiques liés à la divergence entre les bactéries Xanthomonas mangiferaindicae pathogènes du manguier d'une part et du faux -poivrier d'autre part à la Réunion. Je montrerai notamment comment les inférences de tailles efficaces de populations ct de temps de génération enrichissent notre compréhension du fonctionnement de ces bactéries phytopathogènes. (Texte intégral)