Les coopérations, s'établissant entre les bactéries PGPR (PIanI Growth-Promoting Rhizobacteria) et les plantes. sont considérées comme des interactions " simples ", impliquant des réponses peu ou pas spécifiques. Néanmoins, une réponse différentielle suite à l' inoculation par la PGPR Azospirillum a été rapportée selon les variétés, chez plusieurs céréales. Lorsqu'elle est inoculée sur deux cult ivars de riz, Olyza saliva L. japonica ( le cv. Cigalon à partir duquel la souche a été initialement isolée et le cv. Nipponbare), la souche Azospirillum lipoferum 4B montre un patron de colonisation racinaire identique sur les deux cultivars, mais stimule la croissance de la plante et modifie les profils de métabolites secondaires, de façon plus radicale sur son cultivar d'origine (Chamam et a l. 20 13). Dans le but d'identifie r les gènes bactériens régulés au cours de la coopération Azospirillul1lri z, une analyse transcriptomique a été entreprise. Une puce d'expression, élaborée à partir du génome séquencé de celle souche (Wisniewski-Dyé et al. 20 11 ), a été hybridée avec des échantillons d'ARN isolés de cellules planctoniques (culture ayant servi à l' inoculation), de cellules sessiles fixées sur un support abiotique ou de cellules adhérentes aux rac ines des deux cultivars de ri z. Les cellules d'Azospirillu11J associées aux racines adoptent un mode de vie sessile et leur transcriptome est finement ajusté à la plante hôte. L'adaptation au ri z semble impliquer des gènes en lien avec la détoxication des espèces réactives de l'oxygène (ROS), les systèmes d'efflux, et des réseaux complexes de régulation. L'induction de gènes codant des transposases indique que des réarrangements génomiques pourraient être induits au contact des racines de ri z. Plusieurs gènes présentent un profil d'expression spécifique d'un cultivar de riz, suggérant une adaptation spécifique à l' hôte et sou levant la question de la co-adaptation A. Iipoferum 4B/ri z cv. Cigalon.