Au cours de la thèse, l'étude du transcriptome de souches Gardel et Senegal virulentes et atténuées d'E. ruminantium a été réalisée. Une analyse du transcriptome à différents stades de développement, a d'abord été effectuée pour la souche Gardel virulente. Au stade corps réticulé (forme intracellulaire non infectieuse), une surexpression des gènes codant pour des protéines impliquées dans le métabolisme, le transport et l'échange de nutriments et dans la résistance au stress oxydatif était observée. Il semblerait que E. ruminantium mette en place un panel de mécanismes pour sa survie et son développement à l'intérieur de la cellule hôte. Au stade corps élémentaire (forme extracellulaire infectieuse), le gène dksA codant pour un facteur de transcription était surexprimé. Ce gène a été montré comme étant impliqué dans la régulation de facteurs de virulence. Il semblerait donc, qu'au stade corps élémentaire, il y ait une induction de mécanismes de virulence. La comparaison de l'expression des gènes au stade corps élémentaire entre souches virulentes et atténuées a aussi été effectuée. Nos résultats ont montré une modification importante de la membrane pour les souches virulentes et atténuées. Pour les souches atténuées, il a été montré une surexpression des gènes impliqués dans la biogénèse membranaire et une sous-expression des protéines de la famille multigénique map. Ces résultats suggèrent que les protéines MAP jouent un rôle de leurre vis-à-vis de la réponse immunitaire protectrice. Des protéines membranaires hypothétiques sont surexprimées à la fois chez les souches virulentes et atténuées. Certaines d'entre elles surexprimées chez les souches atténuées semblent être de bons candidats vaccinaux et devraient être étudiées. Une surexpression des gènes impliqués dans le métabolisme a été montrée pour les souches atténuées suggérant une adaptation spécifique des bactéries à leur cellule hôte. Nous avons aussi établi un lien entre les modifications d'expression de cer