Les études préexistantes identifient quatre taxons de base (C. reticulata les mandariniers, C. maxima les pamplemoussiers, C. medica les cédratiers et C. micrantha) à l'origine de l'ensemble des formes cultivées suite à des événements de réticulations. Il en résulte des structures génotypiques complexes, généralement fixées par l'apomixie, fortement hétérozygotes et formées d'une mosaïque de grands fragments chromosomiques d'origines phylogénétiques différentes. La structuration de la variabilité phénotypique suggère que la différenciation initiale des taxons ancestraux est à l'origine d'une part importante de la variabilité utile des agrumes. La connaissance de l'origine des formes cultivées et de leurs structures phylogénomiques est donc indispensable à la bonne gestion des collections et à l'optimisation des programmes d'amélioration génétique. A cette fin, cette thèse explore différentes approches d'analyse de la diversité des génomes. Elle a bénéficié de l'évolution rapide des NGS et propose une utilisation raisonnée des outils disponibles en fonction des questions de recherches. Une analyse plus poussée a été conduite sur les limettiers et citronniers. Le pyroséquençage 454 (Roche) d'amplicons a été utilisé pour décrypter la structure en mosaïque interspécifique du chromosome 2 de 50 variétés à partir d'une information haplotypique multilocus et pour identifier des marqueurs SNP diagnostiques des taxons ancestraux. Ces marqueurs ont permis, en association avec des SSR et indels, d'apporter un nouvel éclairage sur l'origine des limettiers et citronniers, par un génotypage exhaustif des collectionsInra/Cirad et Ivia. Enfin, les données de reséquençage complet Illumina réalisé par le Consortium Citruseq/Citrusgenn de sept variétés de limettiers et de citronniers comparées à celles de représentants des taxons ancestraux nous ont permis de reconstituer la structure interspécifique de leurs génomes et de schématiser leurs caryotypes phylogénomiques. Les différentes