Le Cirad est engagé depuis des décennies auprès des acteurs des filières agricoles des pays du Sud pour les accompagner dans le changement et l'innovation. La recherche en partenariat est devenue une modalité de recherche-développement privilégiée, mais ses intérêts et ses limites ne sont pas toujours bien cernés. Suite au constat que l'innovation en agriculture n'est pas nécessairement liée à l'application directe de résultats de la recherche, de nouvelles approches centrées sur les processus et les systèmes d'innovation ont été proposées, afin de repenser les contributions des chercheurs et les modalités d'intervention. Ce chapitre présente les fondements théoriques des liens entre processus d'innovation, organisation des filières et renforcement de capacité. L'approche systémique de l'innovation et la théorie de la transition sont des éléments-clés pour mettre en évidence les contributions de la recherche. La mise en oeuvre de méthodes de suivi-évaluation des impacts de la recherche sur l'innovation et sur le développement agricole est également un enjeu majeur pour améliorer les performances des pratiques de recherche-développement dans les filières.