La diffusion intercontinentale du virus de l'influenza aviaire (VIA) hautement pathogène H5N1 en 2005–2006 a déclenché un effort de recherche important sur l'épidémiologie des VIA chez les oiseaux sauvages et à l'interface entre oiseaux sauvages et domestiques. En effet, les oiseaux sauvages hébergent les souches de VIA faiblement pathogènes qui une fois transmises à la volaille peuvent évoluer vers des souches de plus forte pathogénicité qui constituent un risque économique et de santé publique. Les travaux réalisés au cours des dix dernières années en Afrique ont permis d'étudier les VIA dans des contextes écologiques et épidémiologiques peu explorés. Les résultats indiquent que les VIA persistent dans les écosystèmes afro-tropicaux tout au long de l'année et sont probablement maintenus dans les communautés d'oiseaux sauvages. L'écologie de la transmission de ces VIA dans les régions afro-tropicales présente cependant des particularités. Ainsi, le rôle des limicoles ne semble pas aussi crucial dans la maintenance des VIA que dans les écosystèmes nord-américains. La maintenance des VIA n'est peut-être pas uniquement dépendante des canards sauvages et une grande diversité d'espèces de la communauté d'oiseaux sauvages semble participer à la circulation de ces virus. Finalement, certaines espèces peuvent jouer le rôle de relais, créant le lien épidémiologique entre canards sauvages (l'hôte de maintenance) et les populations de volaille domestique (l'hôte cible). Ces travaux ont donc permis de produire les premières esquisses des modes de circulation et de persistance des VIA dans les communautés d'oiseaux sauvages et domestiques en Afrique, mais ont aussi contribué à stimuler la recherche globale sur les VIA en proposant des hypothèses originales et des méthodes pour les tester.